Интернет пополнился базой данных WikiPathways. Ресурс содержит информацию о биохимических путях организмов, организованная по принципу Википедии. На данный момент в WikiPathways представлены 549 путей для семи организмов: человек (Homo sapiens), серая крыса (Rattus norvegicus), мышь (Mus musculus), муха-дрозофила (Drosophila melanogaster), нематода (Caenorhabditis elegans), пекарские дрожжи (Saccharomyces cerevisiae) и рыба полосатый данио (Danio rerio).
Создавая базу данных WikiPathways, биохимики использовали стандартную программную часть Википедии и специально разработанные алгоритмы для "рисования" моделей биохимических путей. Поиск в WikiPathways можно вести по названию того или иного биохимического пути, названию гена или белка или ключевым словам.
По аналогии с Википедией, зарегистрированные пользователи могут редактировать контент, добавлять к нему информацию или создавать новые страницы.
В Сети уже есть подобная биологическая информация, созданная разработчиками WikiPathways. В 2001 году они разработали программу Gene Map Annotator and Pathway Profiler (GenMAPP), которая позволяла вычленять основные направления в сложных биохимических путях. Программа активно использовалась, однако пользователи редко посылали созданные с использованием их данных схемы обратно. Поэтому было принято решение создать базу по принципу Википедии, которая предусматривает постоянное увеличение количества содержащейся информации самими пользователями.
Сейчас формат, подобный Википедии, стал довольно распространенным среди биоинформатиков. Не так давно была создана база WikiGene, содержащая информацию о генах человека. Принцип Википедии используется также в базе Protein Data Bank Wiki - "хранилище" трехмерных структур молекул белков и нуклеиновых кислот) и еще нескольких менее популярных базах.
itua.info
Бизнес
ITUA на карте интернета!
